Зачет или возврат суммы излишне уплаченного экологического сбора производится территориальным органом Росприроднадзора после составления акта совместной сверки расчетов суммы экологического сбора, на основании заявления плательщика о проведении совместной сверки расчетов суммы экологического сбора
(п. 17 постановления Правительства РФ от 08.10.2015 № 1073, далее – Правила). Заявление представляется плательщиком: посредством телекоммуникационных сетей в виде электронного документа, подписанного простой электронной подписью; на бумажном носителе в одном экземпляре в территориальные органы Рос природнадзора (в случае отсутствия технической возможности использования телекоммуникационных сетей). Территориальный орган Росприроднадзора предоставляет природопользователю акт сверки лично или посредством телекоммуникационных сетей. Зачет суммы излишне уплаченного (взысканного) экологического сбора в счет предстоящих платежей по экологическому сбору осуществляется на основании заявления плательщика о зачете суммы излишне уплаченного экологического сбора по форме, утверждаемой Росприроднадзором (п. 18 Правил). Росприроднадзор производит зачет суммы излишне уплаченного экологического сбора в счет предстоящих платежей, уведомляя плательщика путем направления ему в течение 15 рабочих дней со дня получения указанного заявления. Если суммы, указанные в заявлении о зачете излишне уплаченного экологического сбора, не совпадают с суммами уплаченного экологического сбора, указанными в акте сверки, территориальный орган Росприроднадзора в течение 15 рабочих дней со дня получения дан
ного заявления направляет плательщику письмо, в котором сообщает о невозможности произвести зачет суммы излишне уплаченного экологического сбора в счет предстоящих платежей.

Сумма излишне уплаченного экологического сбора подлежит возврату плательщику на основании заявления плательщика о возврате суммы излишне уплаченного экологического сбора в течение одного месяца со дня получения территориальным органом Росприроднадзора такого заявления (п. 19 Правил). Заявление о возврате суммы излишне уплаченного экологического сбора может быть подано плательщиком или его представителем в территориальный орган Росприроднадзора в течение 3 лет со дня последней уплаты экологического сбора с приложением документов (п. 20 Правил): а) позволяющих определить уплату экологического сбора в размере, который превышает размер экологического сбора, подлежащего уплате, а также ошибочную уплату экологического сбора; б) подтверждающих полномочия лица, подписавшего заявление или заверенную копию указанного документа; в) подтверждающих полномочия на осуществление действий от имени плательщика, в случае если заявление подается представителем плательщика. В течение 15 рабочих дней со дня получения заявления о возврате суммы излишне уплаченного экологического сбора территориальный орган Росприроднадзора (п. 21 Правил):
а) принимает решение о возврате суммы излишне уплаченного экологического сбора и направляет его плательщику;
б) принимает решение об отказе в возврате суммы излишне уплаченного экологического сбора и направляет его плательщику в случае отсутствия в заявлении необходимых сведений и (или) непредставления документов, указанных в п. 20 Правил.